מאגר המידע הלאומי מנצל את המבנה הריכוזי של מערכת הבריאות החברתית בישראל, המנוהלת על ידי ארבעה קופות חולים המחויבות לקבל כל אזרח ישראלי, ולספק לכל האזרחים שירותים רפואיים שווים ללא תשלום או בעלות נמוכה. כ- 2300 מקרים חדשים של אוטיזם מאובחנים מדי שנה בקופות החולים, וברבות מהן הילדים המאובחנים מוזמנים למעקב תקופתי ללא תשלום. פרוטוקול אבחון האוטיזם משתנה בין המרפאות השונות, כך שחלק מהמרפאות עורכות סוללת אבחונים מלאה בעוד שאחרות מבצעות הערכות חלקיות או הערכות קליניות מצומצמות יותר. אבחון האוטיזם הפורמלי בישראל חייב להתבצע על פי קריטריונים של ה- DSM-5 ולכלול אבחנות נפרדות הן מפסיכולוג והן מרופא (נוירולוג ילדים או פסיכיאטר ילדים).

​

עד כה פיתח המרכז הלאומי לחקר אוטיזם שותפויות עם תשע  מרפאות כאלה: היחידה לפסיכיאטריה לגיל הרך בסורוקה, המכון להתפתחות הילד בסורוקה, המרכז לאוטיזם של אלו"ט במרכז הרפואי שמיר, המכון להתפתחות הילד של משרד הבריאות בבאר שבע, המכון להתפתחות הילד בתל השומר, המעבדה לאוטיזם באוניברסיטה העברית בירושלים, המחלקה הנוירולוגית בביה"ח שערי צדק בירושלים והמכונים להתפתחות הילד של קופות חולים כללית ולאומית בירושלים. במידת הצורך המרכז הלאומי לחקר אוטיזם מספק לצוותים הקליניים את הידע הדרוש, הכשרה וכוח עבודה נוסף ליצירת פרוטוקולי הערכה סטנדרטיים ואמינים בכל האתרים. זוהי דרך חסכונית ליצירת שותפויות מחקר קליניות המאפשרות לפתח את מחקר אוטיזם ולשפר את הטיפול הקליני במקביל. בארבעת האתרים המשתתפים בפרויקט מאגר המידע הלאומי מאובחנים מדי שנה כ-650 מקרים חדשים של אוטיזם.

​

איסוף הנתונים נעשה על-ידי עוזרי מחקר מטעם המרכז הלאומי לחקר אוטיזם המנהלים את איסוף ועיבוד נתונים בכל אחד מהאתרים, זאת על מנת להבטיח עקביות ואמינות בין האתרים השונים. שלבים מהותיים באיסוף המידע כוללים את איסוף הנתונים בזמן אבחון האוטיזם ובביקורי מעקב, שילוב הנתונים לאחר מכן במבני מסד נתונים זהים, ובסופו של דבר, איחוד של נתונים אנונימיים בין האתרים השונים.